肽链内切酶（Endopeptidase），又称内肽酶，是一类专一性识别并水解蛋白质多肽链内部特定肽键的水解酶。它们不从链的末端开始作用（区别于外切酶），而是在肽链内部的特定位置“剪断”连接氨基酸的酰胺键（即肽键），从而将长链蛋白质切割成若干较短的肽段。
从生物化学角度看，肽链内切酶属于水解酶类（EC 3.4），其催化反应的本质是：在水分子参与下，断裂肽键中的C–N键，生成一个羧基端和一个氨基端。该过程无需ATP供能，是典型的放能反应。
? 示例说明：分子级“精准剪刀”
以胰蛋白酶（Trypsin）为例，它特异性识别并水解精氨酸（Arg）或赖氨酸（Lys）残基的羧基端形成的肽键。若某多肽序列为：Ala–Ser–Arg↓Gly–Leu–Lys↓Asp，胰蛋白酶会在↓处切断，生成三段肽：Ala–Ser–Arg、Gly–Leu–Lys 和 Asp。
这种“定点切割”能力，使肽链内切酶成为蛋白质测序、结构解析和功能研究中不可或缺的工具。
值得注意的是，不同肽链内切酶具有高度特异的识别模式。根据其对底物肽段中氨基酸残基侧链的偏好性，可进一步细分为：
• 丝氨酸蛋白酶类（如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶）：活性中心含丝氨酸残基
• 半胱氨酸蛋白酶类（如木瓜蛋白酶、组织蛋白酶B）：依赖半胱氨酸巯基催化
• 天冬氨酸蛋白酶类（如胃蛋白酶）：在酸性环境下激活
• 金属蛋白酶类（如胶原酶）：需Zn²⁺等金属离子辅助
• 苏氨酸蛋白酶类（如蛋白酶体催化亚基）：活性中心为苏氨酸
从进化角度看，肽链内切酶的多样性反映了生命体对蛋白质精细调控的极致需求。在单细胞生物中，它们主要参与营养获取；在高等生物中，则深度参与信号转导、免疫应答、细胞凋亡等关键过程。